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R包经常会遇到各种版本不兼容的毛病，比如当前的版本相较于包，新了/旧了都是麻烦

而升级R软件呢，最麻烦的就是之前安装的包怎么办？

搜罗了以下几种方法：

方法1：

（1）直接安装新版本

（2）然后复制旧版本的library中的文件夹到新版本的library文件夹下，粘贴。

如果中间跳出有重名的，就不覆盖（基础包是需要最新的）。

（3）打开新版的R，输入：

1. update.packages()

默默等待更新即可

（不过我其实不建议这种方式，他会不断的跳出来，让你选择y/n/c 是/否/取消）

直接选择程序包——更新程序包，应该就可以了吧？

方法2

使用installr包

http://cran.ms.unimelb.edu.au/

所以，还没开始，似乎结局已经注定

如果是这样，我不知道其意义何在呢？

不过呢，按照其他参考资料而言，应该还是很简便的

（参考资料的发布时间最在的在2014，晚一点的也在2015，看来这个包也是经过了不少改动啊）

http://wanglongqi.github.io/r/2014/11/04/installR/（Posted on 04 Nov 2014）

方法3

在旧版本下的控制输入：

1. olib <- installed.packages()[,"Package"]
2. 

3. save(olib, file="oldRpackages.txt",ascii=T)

也就是，在旧版本下，读入了所有已安装的扩展包

我将后缀名保存为txt，并设置ascii参数为T，是为了能打开，打开能识别编码。恩，最好使用editplus打开，不然直接用txt，格式看起来混乱。

上述语句要在卸载旧版本之前运行，然后，上述语句运行完，会在当前的工作空间（getwd()查看）文件下生成一个oldRpackages.txt文件

安装新的R，然后在新的R中输入：

1. > load("oldRpackages")
2. > chooseCRANmirror() #我先选择设置镜像，才出现此代码
3. > tobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])
4. > biocLite(tobeinstalled)
5. 

6. 错误: 没有"biocLite"这个函数

使用??biocLite，也是not fund

但事实上不是这样的，输入：（这是因为，他们所用的镜像，是生物信息自己的镜像，会加载包）

1. load("oldRpackages")
2. source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
3. 


4. 1. 试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.3/bioc/bin/windows/contrib/3.3/BiocInstaller_1.22.1.zip'
   2. Content type 'application/zip' length 58128 bytes (56 KB)
   3. downloaded 56 KB
   4. The downloaded binary packages are in
   5. C:\Users\xuan\AppData\Local\Temp\Rtmp6dKreM\downloaded_packages
   6. Bioconductor version 3.3 (BiocInstaller
   7. 1.22.1), ?biocLite for help
   
   
5. 

6. tobeinstalled <- setdiff(olib, installed.packages()[,"Package"])
7. biocLite(tobeinstalled)
8. 


9. 1. BioC_mirror: https://bioconductor.org
   2. Using Bioconductor 3.3 (BiocInstaller 1.22.1), R 3.3.0
   3. (2016-05-03).
   4. Old packages: 'Rcpp', 'survival'
   
   
10. Update all/some/none? [a/s/n]: a（自己输入选择）

报错了........

http://blog.qiubio.com:8080/archives/3113

http://www.calyx.biz/r-tips--r2521624039/r-package-abouts-r（这里也提到了类似的命令）

（作者还有其他关于R的作品，蛮有意思http://www.calyx.biz/r-tips--r2521624039）

综上所述，我觉得，在方法2可用的情况下，可以使用2 ，否则，我还是更愿意使用方法1.

卸载，进入安装文件，找到unins000.exe

卸载完后，library文件夹还会残留下来，但是，此时残留的仅仅是扩展包，其他的核心基础包，都木有啦。

安装：

（我手贱，一开始自己选了Plain text，结果帮助文档是在一个控制台一样的窗口输出的，不方便啊，无法缩放，窗口切换也麻烦）

null