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作者：朱微金 李陈浩
堆叠柱状图连线画法提出问题
18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化 》。其中的图3基于堆叠柱状图，添加组间各成分连线，可以更容易的观察和比较组间的变化。如下图：
我在很多文章中也见过，一直没有学会具体的做法。这回正好身边的人会做，就问了一个作者，结果回复是origin画的，有个选项就可以添加组间连线。
现在方法是有了，不过我还是喜欢用R来画图，因为每一个细节的修改都落实的代码上，可见可重复。
而窗口操作类的软件，操作过程是不容易被记录的，别人也很难重复。
我下午将此问题放在了宏基因组0讨论群中，问是否有R包或现成的函数一句话实现在堆叠图中添加组间连线。
获取专业解答
李陈浩老师首先説写两句R就搞定。可是以我的R水平，虽然学过R in action，还只是会按帮忙使用包，修改代码的水平，很难写代码实现想法。
同时李海敏、沈伟等几位老师，也提供了众多解决方案，如ggalluvial，这个更炫酷，功能过于强大，我会在下一次分享中把中文笔记和使用心得带给大家。
到了晚上，新加坡的李陈浩老师己经将我要的需求帮助写好了，大赞。如下，我略微修改并注释：
# 绘图包、数据清洗、表格宽转长
library(ggplot2)
library(tidyverse)
library(reshape2)
# 读生一个测试数据宽表格
df=data.frame(
Phylum=c("Ruminococcaceae","Bacteroidaceae","Eubacteriaceae","Lachnospiraceae","Porphyromonadaceae"),
GroupA=c(37.7397,31.34317,222.08827,5.08956,3.7393),
GroupB=c(113.2191,94.02951,66.26481,15.26868,11.2179)
)
# melt转换为长表格为ggplot2绘图通用格式
# geom_segment添加直线和曲线，arrange按门水平名称字母降序排列；cumsum先将数值累计，再用mutate取代；现在己有两组间的高度位置，再设置X轴位置1.25, 1.75, 和Y位置
ggplot(melt(df), aes(x=variable, y=value, fill=Phylum)) +
geom_bar(stat = "identity", width=0.5, col='black') +
geom_segment(data=df %>% arrange(by=desc(Phylum)) %>% mutate(GroupA=cumsum(GroupA)) %>% mutate(GroupB=cumsum(GroupB)), aes(x=1.25, xend=1.75, y=GroupA, yend=GroupB))
有模板改参数我喜欢
即然有了画两组的模板，仔细读一读代码，改成三组的应该不难，代码如下：
# 画三个组间比较
# 读生一个测试数据宽表格
df=data.frame(
Phylum=c("Ruminococcaceae","Bacteroidaceae","Eubacteriaceae","Lachnospiraceae","Porphyromonadaceae"),
GroupA=c(37.7397,31.34317,222.08827,5.08956,3.7393),
GroupB=c(113.2191,94.02951,66.26481,15.26868,11.2179),
GroupC=c(123.2191,94.02951,46.26481,35.26868,1.2179)
)
# melt转换为长表格为ggplot2绘图通用格式
# geom_segment添加直线和曲线，arrange按门水平名称字母降序排列；cumsum先将数值累计，再用mutate取代；现在己有两组间的高度位置，再设置X轴位置1.25, 1.75, 和Y位置
ggplot(melt(df), aes(x=variable, y=value, fill=Phylum)) +
geom_bar(stat = "identity", width=0.5, col='black') + theme_classic()+
geom_segment(data=df %>% arrange(by=desc(Phylum)) %>% mutate(GroupA=cumsum(GroupA)) %>% mutate(GroupB=cumsum(GroupB)), aes(x=1.25, xend=1.75, y=GroupA, yend=GroupB))+
geom_segment(data=df %>% arrange(by=desc(Phylum)) %>% mutate(GroupB=cumsum(GroupB)) %>% mutate(GroupC=cumsum(GroupC)), aes(x=2.25, xend=2.75, y=GroupB, yend=GroupC))
# 添加theme_classic()修改主题样式，这个经典主题我更喜欢
# x和xend分别为起始和终止，1，2组间X值起始分别为1.25和1.75，2，3组间则为2.25和2.75
此图比较适合展示时间序列、梯度变化有规律的连续组。因为只能连接相临的组，需要大家想好谁和谁比较很重要。对于需要全部两两比较是无法实现的。
最后感谢万能的宏基因组微信讨论群，我让认识了大家，总在我有困难时，大家无私的帮助我。谢谢你们！
希望我也能尽快成长为小牛，有更多的能力帮忙别人。
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写在后面
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