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蛋白互作之STRING/Cytoscape
蛋白互作网络
蛋白互作网络是分子网络的一种，就蛋白质而言，包括蛋白-
DNA互作、蛋白-RNA互作、蛋白-蛋白互作。今天讲的是蛋白-蛋白互作。互作关系包括抑制、激活、催化等，通过互作发挥特定的生物学功能。
实验层面可以通过以下方式对互作关系进行验证。酵母双杂(
Y2H)筛选、Co-IP和GST-pulldown验证。
蛋白互作数据库
STRING(https://string-db.org/)
IntAct (http://www.ebi.ac.uk/intact/)
MINT(http://mint.bio.uniroma2.it/)
DIP (http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/)
今天介绍常用的STRING数据库。
菜单栏介绍：
STRING::Search:在线搜索蛋白的互作关系。
Protein by name：根据名字搜索单个蛋白的所有互作关系。Protein by sequence：根据蛋白序列搜索单个蛋白的所有互作关系，此时最好指定数据库中的物种，减少比对时间。文件格式为fasta，不要输入核酸序列。Multiple proteins：根据名字搜索多个蛋白之间的互作关系。Multiple sequences：根据序列搜索多个蛋白之间的互作关系。Proteins with Values/Ranks：根据各蛋白对应值(FC、logFC等)的排序进行功能富集分析(GSEM)。Examples：蛋白互作图示例。
STRING::Download：下载研究物种的数据进行本地分析。
图片介绍：
Legend：图由Nodes和Edges组成，Nodes代表蛋白，Edges代表关系，不同的颜色代表不同的数据来源。Nodes可以点击查看详细信息。空的节点表示蛋白3D结构尚不清楚。Edges可以点击查看互作关系的来源。页面下方有两个蛋白之间互作关系的置信分数，从0到1越高越好。
Settings：通过设置参数改变图形，设置好后点击右侧UPDATE。
Analysis：显示的互作关系中的基因在GO和KEGG等中的富集结果。Exports：保存互作关系图表，支持PNG，SVG格式。Clusters：对互作关系进行聚类，不同的节点颜色代表的不同的簇。More/Less：增加或者减少节点的数量。
绘图软件Cytoscape
官网网址：https://cytoscape.org/
安装：
安装路径不能含有中文(最新版本不需要自己安装JAVA，随软件安装包一起安装)。
软件主界面：
包含菜单栏、工具栏、Control panel、Table panel
Cytoscape::File
Import->Network->File输入互作关系对文件，Import->Table->File输入节点属性文件，或使用工具栏按钮。
Export as Image保存网络图图片。
Cytoscape::Apps
Apps Manager安装功能插件，可以安装STRING、BiNGO。
Cytoscape::Tools
可以抽取、合并子网络。
Cytoscape::Help
可以查看Cytoscape软件的官方帮助文档。
绘图
准备文件：表格最好带表头
Network关系对文件：
Node节点属性文件：
导入Network关系对文件：设置Source Node、Target Node。下方Advanced Options按钮设置文件从第几行开始读，及文件的列分隔符。
导入Node属性文件：设置Key、Attribute。
调整
Nodes和Edges图形属性
Control panel::Style
Node::Fill Color：填充节点颜色。
Node::Shape：选择节点形状。
Node::Size：选择节点大小。
Node::Label：节点文本参数。
如需按节点属性分配颜色，Column选择包含属性的列，Mapping Type选择Discrete Mapping，再为每种属性选择颜色即可。同样适用于节点形状的设置。
如需按节点属性分配形状大小，Column选择包含属性的列，Mapping Type选择Continuous Mapping，双击右下角图片可自定义最小、最大尺寸。
Edge::Line Type：设置线条形状。
Edge::Transparency：设置线条透明度。
Edge::Width：设置线条宽度。
Network::Background Paint：设置图片背景。
新的图形已经生成，但是图片节点太多，可以抽取子网络。
Cytoscape::BiNGO：对基因进行GO富集，颜色越深富集越显著，圈的大小代表包含基因的多少。
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