学校网站建设流程图外贸seo软件
最近在做这个，也不是很会，就当是记录一点学习心得了；如果有错误的地方，请指正。哈哈。
1.如何使用MEGA创建进化树？
古话说得好，巧妇难为无米之炊（我还想补充一句，巧妇也难为无灶之炊），嘛意思，就是我们首先要准备好自己的序列，当然还有MEGA软件。
1.1序列处理
比对之前，我已经把序列做成了自己想要的样子，主要是名字，名字，名字（懒得后面改了，本文也会说到怎么批量修改ID）
输完序列，当然要保存文件啦，这里我们把记事本文件保存为fasta：文件—另存—保存类型（所有文件）—文件名（XXXXX.fasta)—保存
1.2打开MEGA建树
选择Open A File ，打开刚刚保存的fasta文件。
之后选择Alignment---Align by clustalW----Select all
出现以下界面，我这里采取默认设置未修改参数，点击OK，运行，等待一会儿。
运行完毕后，点击data ---phylogenetic Analysis
之后，我们可以看到这里多了两个小图标。
点击如图下拉栏，可以看到一些选项，点击一个：
出现弹窗，Bootstrap（自展值）可以勾选，“300”--计算次数；我试过1000+，算了好几个小时诶（当时选的ML Tree,第一个选项，算的贼慢；此处选的UPGMA，算得很快；并未深究其算法，先做个树再说。）。设置好了后，点击Compute。
然后，树就建好了，做边是功能区，点点就知道是什么功能了，当然还有上面；之后便是导出文件了，这里推荐导出PDF，可以编辑。
步骤：点击Image --- Save as PDF File (使用PDF编辑器可以修改字体)。
2. Figtree 如何批量修改ID
2.1 MEGA 保存nwk文件
点击File--Newick--出现下面的弹窗
此处勾选这两个勾勾，如果最开始没有设置Bootstrap，这个勾勾是不让选的，点击Export:
保存成功
2.2 安装Figtree
下个软件包，需要java环境。按步骤去做就行。软件打开是这样的：
点击 File ----open----打开保存的nwk文件
2.3建立注释文件
打开我们电脑的记事本，建立一个注释文件：
原始标签用NAME表示，改后的用RENAME表示，然后保存为txt文本文件即可：
回到软件，点击File ----Import Annotations 导入文档
在左边找到 Tip Labels,展开，可以看到RENAME这个选项（没有导入文档前，没有这个选项），点击即可。
3.iTOL 在线网站怎么批量修改ID
3.1保存nwk文件
3.2网址：
Interactive Tree Of Life
3.3主页
点击中间选项，新建一个树：
这里给树取个名字，然后选择文件，然后Upload...
加载完成后，我们点击Help选项，点击Help pages进去：
进去之后，我们点击 Annotating trees，找到 Note Lab..选项，点击，出现以下界面：
我们点击Template file：
把这些文字复制下来，我们粘贴到记事本里：
#代表一种解释，并不是很重要；
没带#的就很重要了，图中画线的就没有带#，英语翻译过来表示用“，”隔开；我不喜欢用“，”，于是我把它改成了：
然后，就是写ID了，方法和上面一样，第一列表示原始ID，第二列表示修改后的：
这里，列举了一个ID。
之后，我们将文本直接拖拽到树上面，运行代码，批量修改ID：
出现下面结果后，保存即可：
（PS:批量修改颜色也类似同样的操作）
4. EvolView
网址：
https://evolgenius.info//evolview-v2/#login
我感觉这个就是个美化比较好用的软件，还有一点就是，它可以和MEGA对接Bootstrap，显示整数自展值：
5.结语
暂时能想到的就这么多了，如果有错误的地方烦请指正哈；发现写文章真累，截图都手软了，哈哈。