unity 3D在MonoDevelop的脚本调试有两种方案：
一、如果unity 3D的工程还没打开，那么通过以下步骤启动调试：
1、设定MonoDevelop的unity程序的启动位置（适用于unity 3D4.5x版本，其他版本类似）：菜单-》tools-》options，拖到左下角，展开“unity”的“debugger”，在“editor location”中搜索“unity.exe”并设置；勾选“launch unity automatically”和“build project in monodevelop”。
2、打开相应的脚本文件，按F5启动调试，此时会自动唤醒当前脚本对应的unity工程，然后在unity编辑器上面点击“运行游戏”按钮，调试正式开始。
二、如果unity 3D的工程正打开着，通过以下步骤启动调试：
点击monodevelop的“attach to process”按钮，选择里面的unity进程后确定，即可进入调试了，然后在unity编辑器上面点击“运行游戏”按钮，调试正式开始。